Detoksifikasi metabolit reaktif endogen seperti peroksida dan aldehid reaktif selalunya tidak dapat dicapai oleh sistem yang diterangkan di atas. Ini adalah hasil daripada spesies ini diperoleh daripada juzuk selular biasa dan biasanya berkongsi ciri kutubnya. Walau bagaimanapun, oleh kerana sebatian ini adalah sedikit bilangannya, sistem enzim boleh menggunakan pengecaman molekul tertentu untuk mengenal pasti sebatian sebegini lalu mengeluarkannya. Kesamaan molekul ini dengan metabolit berguna bermakna enzim detoksifikasi yang berbeza biasanya diperlukan bagi metabolisme setiap kumpulan toksin endogen. Contoh sistem detoksifikasi khusus ini ialah sistem glioksalase yang bertindak untuk melupuskan aldehid reaktif metilglioksal dan pelbagai sistem antioksidan yang mengeluarkan spesies oksigen reaktif.